动态解析基因组转录调控是解读细胞命运和疾病发生机制的关键。然而,传统RNA测序技术受限于高丰度稳态RNA,难以捕捉转录活动的即时变化。近年来,新生RNA测序技术成为实时监测转录动态的关键工具。相较于传统RNA测序技术,新生RNA测序技术可从新生RNA即时表达情况、转录暂停情况及非编码转录调控元件的活跃情况三个层面提供转录调控信息。
近日,中国科学院广州生物医药与健康研究院研究员鲍习琛团队收集并整理了涵盖22个物种、415项研究的3664个新生RNA测序数据集,构建了综合性的新生RNA数据库NaRaDa,并提供样本质控信息,以确保用户可筛选高质量数据集。进一步,NaRaDa鉴定了558574个来自不同物种的转录调控元件,用户可通过感兴趣的基因来探索,也可通过筛选具有特定处理或实验条件的项目来获取其对应调控元件。同时,NaRaDa支持用户在线分析不同新生RNA数据集的转录调控变化,包括新生RNA表达差异、RNA聚合酶的暂停/释放转变以及转录调控元件的活跃程度变化。用户可下载并利用上述信息,深入剖析基因和调控元件在各种情况下的转录动力学。
该研究构建了综合性的新生RNA数据库,为解析转录起始变化、RNA代谢动力学及基因调控网络提供了资源库。
相关研究成果以NaRaDa: A comprehensive nascent RNA database为题,发表在The Innovation Life上。研究工作得到国家自然科学基金委员会、科学技术部等的支持。
论文链接
NaRaDa的整体框架
新闻网讯 11月4日,《自然-纳米技术》(Nature Nanotechnology)在线发表华中科技大学生命学院、国家纳米药物工程技术研究中 基于骨架结构的蛋白质序列设计是全新蛋白质设计的关键问题之一。近年来,随着深度学习方法和技术的发展,全新蛋白质序列设 11月8日,记者从清华大学李菂团队获悉,清华大学天文系教授、中国天眼原首席科学家李菂领衔的国际团队又有新发现。名为FRB 浙江德清莫干山镇中心学校的学生们在大课间时跳竹竿舞。 资料图片 实现基本均衡后,我国义务教育的发展目标正向优质均衡迈进。到2035年,绝大多数县(市、区、旗)域将实现义务教育优 新华网北京11月14日电 11月20日至22日,教育部将在天津举办2024年世界职业技术教育发展大会。在今日举办的新闻发布会上,教育部国际合作与交流司副司长陈大立表示,我国同183个建交国普遍开展了教 ◎摘 要 面向国家战略需求优化学科设置调整机制,是关系高等教育结构性改革的重要路径,也是畅通创新链、产业链、资金链、人才链的关键接点。在世界百年未有之大变局的新形势下,传统的学科设置 。本文链接:研究构建综合性的新生RNA数据库http://www.sushuapos.com/show-12-1461-0.html
声明:本网站为非营利性网站,本网页内容由互联网博主自发贡献,不代表本站观点,本站不承担任何法律责任。天上不会到馅饼,请大家谨防诈骗!若有侵权等问题请及时与本网联系,我们将在第一时间删除处理。
上一篇: 大豆抗病分子机制研究获进展