近日，中国科学院上海药物研究所郑明月团队开发出基于生成式AI的蛋白-配体复合物结构预测方法SurfDock。这一方法利用蛋白质表面信息构建几何扩散神经网络，高精度自动生成配体结合构象，并应用于基于结构的虚拟筛选。相关研究成果以SurfDock is a surface-informed diffusion generative model for reliable and accurate protein–ligand complex prediction为题，在线发表在《自然-方法》（Nature Methods）上。
研究蛋白-配体相互作用是分子生物学和生物化学的基础。从酶催化到信号传导，这些相互作用构成了众多细胞过程的核心。研究蛋白-配体相互作用对基于结构的药物设计至关重要，科研人员可据此发现或设计与特定蛋白质结合的配体。科学家利用AI技术能够更精准地剖析蛋白-配体相互作用，加速药物发现进程。
该研究提出了新型基于蛋白表面的几何扩散网络，用于生成精准可靠的蛋白-配体复合物构象。这一模型将多种蛋白质信息如表面特征、残基结构特征和预训练序列特征整合到表面节点的表示中，配备SurfScore内部评分模块，通过对蛋白-配体复合物的训练来评估构象的置信度。同时，SurfDock整合了可选的基于力场的优化步骤，进一步提升了性能。这些设计使得SurfDock在多个基准测试中展现出优异的对接能力，其生成构象的合理性超越现有的深度学习方法。
SurfDock能够适应新的蛋白质、口袋和空结构，在处理高度柔性的配体时表现出色。在实际应用中，研究通过针对ALDH1B1的筛选实验证实了SurfDock的实用价值，快速筛选出7个具有新骨架的先导分子。
研究工作得到国家自然科学基金、国家重点研发计划、中国科学院青年创新促进会会员项目等的支持。
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SurfDock架构图
“未来，创新驱动至关重要，要结合基础与应用研究，利用前沿科技推动产业升级。”11月8日，中国工程院院士、大连工业大学教授朱 城区学校在开展劳动教育时常常面临劳动教育资源不足、劳动场地受限等问题。长沙市长郡芙蓉中学是—所城区学校，校园面积仅29亩，学生达到2100余人。为了满足学生的劳动实践需求，学校在建设和 中国教育报-中国教育新闻网北京11月11日讯（记者 林焕新）“学前教育法共九章85条，短短的9000多字，浓缩了党的十八大以来学前教育跨越式发展的壮阔历程，凝聚了各地各部门大胆探索实践的宝贵经验，也寄 2021年，广西壮族自治区柳州市绘就教育共同体建设的画卷落下第一笔。三年来，柳州积极推动城市优质教育资源辐射乡村和薄弱地区常态化。2024年，柳州累计建成教育共同体52个，覆盖中小学、幼儿园共17 对住宿在校的学生来说，特别是留守学生，最缺的就是陪伴。在湖北省襄阳市谷城县一所乡镇学校，为了让初中生在校能安心睡觉、吃饭和学习，校长每天都坚持陪餐、陪寝，和学生住在一栋宿舍楼，尽可能地陪在 ◎摘 要 军工文化是国防科技工业系统在长期的建设与发展过程中形成的宝贵精神财富。作为中国特色社会主义文化的有机组成部分，军工文化既是军工特色高校上好“大思政课”的“活教材”，也是“ 。本文链接：科学家开发出基于生成式AI的蛋白-配体复合物结构预测方法http://www.sushuapos.com/show-12-465-0.html
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