近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）高远团队与动物研究所赵方庆团队，开发出面向TB级转录组数据的高效环形RNA检测与定量工具CIRI3，通过反向剪接序列比对与跨样本整合算法设计，实现了TB级数据的超高速处理，并可高灵敏识别低丰度及非传统剪接信号的新型环形RNA，突破了环形RNA大规模检测方法的灵敏度与计算效率瓶颈。
针对现有环形RNA计算工具效率低、内存占用大等问题，CIRI3采用动态多线程任务划分与分块查找策略，实现了TB级测序数据的超高效处理（处理21TB SAM文件仅需105小时，峰值内存占用45.85 GB）。CIRI3可实现对大规模样本的联合分析。相较于单一样本分析，联合分析可有效防止“漏检”，使得环形RNA的检出率提升19.3%，并提升了低丰度环形RNA的检测灵敏度与定量精度。同时，CIRI3对非经典剪接信号等关键特征具有高度的可扩展性，实现了对内含子自连接型环状RNA等新亚型的系统性识别。综合性能评估表明，CIRI3在环形RNA的识别与定量方面均优于现有工具，可为大规模环形RNA研究及疾病生物标志物的挖掘提供技术支撑。
基于CIRI3的大规模数据挖掘能力，研究团队对涵盖30种癌症类型的2535个人类癌症及正常样本转录组测序数据进行整合挖掘，构建出迄今规模最大的AI-ready肿瘤相关环形RNA数据资源CIRIonco。评估表明，CIRI3计算的环形RNA剪接比率在不同批次和不同来源的样本间表现出高度的稳健性，其批次效应低于传统的反向剪接读段数，使其成为跨批次、跨平台整合分析的更优指标。进一步，基于差异剪接的环形RNA，团队构建了基于人工智能的组织类型溯源与疾病表型预测模型，实现了样本来源器官系统、组织类型及疾病水平的精准预测，展示了环形RNA作为疾病分子分型与早期诊断生物标志物的潜力。该模型可在用户小规模数据集上迁移学习，实现优于从头训练模型的预测性能，为解析环形RNA的生成调控与功能机制提供了计算工具。
CIRI3是可在TB级人群队列转录组数据中高效检测和精确定量环形RNA的工具；CIRIonco数据库为癌症相关环形RNA的研究与功能探索提供了AI-ready数据集与计算模型，并为环形RNA在癌症分型和精准诊断中的应用提供了方法学工具和数据基础。
相关研究成果发表在《自然-生物技术》（Nature Biotechnology）上。研究工作得到国家重点研发计划、国家自然科学基金、中国科学院战略性先导科技专项等的支持。
论文链接
CIRI3源代码、在线分析网页
CIRIonco数据库
CIRI3方法原理
CIRIonco数据库及组织类型溯源与疾病表型预测模型
生命自诞生以来一直经历着从简单到复杂，从低等到高等的演化趋势。但演化是多个方向的，有时候也会出现特化。一些科学家普 随着全球水产养殖产业的发展，每年会产生大量海藻、牡蛎壳等废弃物。而这些废弃物通常被堆放在垃圾填埋场、近海滩涂或直接丢弃到海洋中，对土壤、自然水域及海洋生态系统带来环境影响。为促进水产养殖的可持续发展 为落实元首共识、深化教育交流合作，11月9日，中意大学校长对话会在北京大学举行。教育部部长怀进鹏出席对话会并致辞。他表示，中方坚持教育开放发展，愿同包括意大利在内的世界各国扩大学术交流和教育合作规模，积极参与 近日，一场“场景沉浸式”大思政课在北京长辛店二七纪念馆举行，来自中国戏曲学院等8所艺术院校的师生以“共演一出戏”方式，生动再现历史场景，将红色资源与沉浸式实景课堂相结合，创新高校思政 11月13日，安徽省亳州市蒙城县“曲艺进校园”活动走进蒙城一中，让学生们近距离了解曲艺文化、感受曲艺魅力，培养文化自信，丰富校园文化生活。近年来，蒙城县通过开展戏曲、曲艺以及楹联等形式多样的 中国教育报-中国教育新闻网北京11月11日讯（记者 林焕新）学前教育的发展离不开家庭、社会的共同支持。在今天教育部召开的新闻发布会上，记者获悉，学前教育法不仅对幼儿园做好保育和教育工作提出了 。本文链接：研究开发出高效环形RNA检测与定量工具http://www.sushuapos.com/show-12-1888-0.html
声明：本网站为非营利性网站，本网页内容由互联网博主自发贡献，不代表本站观点，本站不承担任何法律责任。天上不会到馅饼，请大家谨防诈骗！若有侵权等问题请及时与本网联系，我们将在第一时间删除处理。