由中国科学院昆明动物研究所牵头，联合34个国内外科研团队，历时10年完成的“东南亚人群基因组计划”一期研究，于近日发表在国际期刊《自然》上。这一研究揭开了东南亚人群的遗传演化之谜，填上了全球人类基因组研究的“最后一块拼图”。那么，东南亚人群的遗传多样性体现在哪些方面？中国主导的这项研究有何新发现？通过基因研究人类起源，科学家从中得到了什么启示？我们请中国科学院西南生物多样性中心生物学博士刘耀文来说一说。
（1）东南亚因适应进化产生诸多独特基因
东南亚有6.8亿人，占世界总人口约8%。它还是全世界主要的土著居民居住地，全世界共有4.7亿土著居民，东南亚就有1.5亿人。如今，东南亚拥有30多个族群、五大语系（如南亚语系、南岛语系、汉藏语系等）。但这样一片遗传多样性丰富的区域，其人群基因组检测极少，因此成了全球人类基因组研究缺失的“最后一块拼图”。
为了填上这“最后一块拼图”，中国科学院昆明动物研究所联合泰国、柬埔寨等东南亚多国的34个科研团队，组织发起了“中国西南与东南亚人类学联合研究联盟（CASEAC）”，采集到涵盖五大语系、6个国家、30多个族群共3023例个体的样本，最终将这些数据汇总为目前最完整的东南亚人群基因组变异数据集——SEA3K。
研究发现，东南亚人群经过长期的适应进化，基因呈现出不少独特之处，给自然选择塑造现代人类表型多样性提供了重要证据。比如，在一号染色体上有一段区域的正选择结构变异比全球人群的平均值高了15%。这一段区域涵盖了多个和当地人特征相关的基因，有的基因与头发有关，可通过形成卷发来增强散热；有的与机体对外界刺激的反馈有关，可减轻热带雨林地区非常多见的蚊虫叮咬反馈效应。
研究还发现了语言和遗传的复杂性。按照传统思维，使用共同语言的人群可能在血缘上是相同或者相近的。但是，对东南亚人群基因组的解析发现，不少拥有相同语言的当地人其实不是来自同一个血缘祖先，其遗传聚类和语言家族聚类并不一致，这反映出当地人群在不断混合的过程中发生了复杂的遗传交融和语言更替转变。
另外，在疾病相关基因变异方面，此次研究也极大丰富了全球人群的基因组变异库，且发现了不少过去认识有误的疾病基因归因。比如，一些在临床变异数据库中被标注为“致病性”的罕见基因在东南亚人群中其实很常见，这意味着之前所选择、分析的疾病人群可能代表性不足，从而导致对致病基因推测错误。
（2）人类史前演化地理边界被重新定义
关于现代人的起源长期有两种观点对峙，一种是多地起源学说，一种是非洲起源学说。前者认为直立人在各地区独立进化出了智人，主要依据是化石研究；后者认为现代人是由非洲走出的智人进化而来，并替代了各地本土的古人类，主要依据的是分子人类学研究。
这次研究首次在东南亚土著人群中发现丹尼索瓦人（生活在上一个冰河时代的人类种群）的多次基因渗入，还鉴定出尼安德特人的基因渗入分布，拓展了科学家对人类史前演化的地理认知。这也佐证了人类在走出非洲之后与当地人群进行基因交流的事实，丰富了人类起源学说。
深入研究古人类，丰富人类起源理论，将对未来人类的环境适应、演化等提出新的见解。
（3）为解析人类遗传多样性树立新标杆
可能有人会疑惑，如此大费周章地研究东南亚人群，跟中国有什么关系？
此次研究进一步证实了东南亚人群和东亚人群之间存在密切的基因交流：这两个群体通过基因交流贡献了4个主要遗传成分，基因记录揭示了新石器时代中国南方从事农业的群体朝东南亚扩张的过程，甚至一些过去被认为主要存在于藏族的遗传特征，也在中国西南及其邻国的非汉族人群中出现，反映出人群从中国西南部向东南亚迁徙的过程。
从这个角度来看，通过研究东南亚人群基因这一人类基因组“南方盲区”，可以对东南亚人乃至全球人类基因交流和适应提供更新的思路。
另外，相关研究成果能为多个领域尤其是生物医药健康领域提供参考。比如，对东南亚人群基因组的发掘不仅修正了一些致病性基因的错误归因，还发现了东南亚人群遗传、环境和疾病的相互作用，这对后期针对性地研发药物、疫苗提供了依据，可推动区域精准医疗的发展。
此次开展的东南亚人群基因研究是中国主导的跨国合作范式，为解析人类遗传多样性树立了新标杆。目前，中国科学院昆明动物研究所联合国际合作伙伴已启动“东南亚基因组计划”二期工程，致力于构建覆盖东南亚全域的万人级高分辨率基因组图谱，以深度解析东南亚大陆人群与东南亚岛屿人群的遗传多样性关联，拓展人类对于泛基因组多样性的认知。
由中国科学院昆明动物研究所牵头，联合34个国内外科研团队，历时10年完成的“东南亚人群基因组计划”一期研究，于近日发表在国际期刊《自然》上。这一研究揭开了东南亚人群的遗传演化之谜，填上了全球人类基因组研究的“最后一块拼图”。那么，东南亚人群的遗传多样性体现在哪些方面？中国主导的这项研究有何新发现？通过基因研究人类起源，科学家从中得到了什么启示？我们请中国科学院西南生物多样性中心生物学博士刘耀文来说一说。
（1）东南亚因适应进化产生诸多独特基因
东南亚有6.8亿人，占世界总人口约8%。它还是全世界主要的土著居民居住地，全世界共有4.7亿土著居民，东南亚就有1.5亿人。如今，东南亚拥有30多个族群、五大语系（如南亚语系、南岛语系、汉藏语系等）。但这样一片遗传多样性丰富的区域，其人群基因组检测极少，因此成了全球人类基因组研究缺失的“最后一块拼图”。
为了填上这“最后一块拼图”，中国科学院昆明动物研究所联合泰国、柬埔寨等东南亚多国的34个科研团队，组织发起了“中国西南与东南亚人类学联合研究联盟（CASEAC）”，采集到涵盖五大语系、6个国家、30多个族群共3023例个体的样本，最终将这些数据汇总为目前最完整的东南亚人群基因组变异数据集——SEA3K。
研究发现，东南亚人群经过长期的适应进化，基因呈现出不少独特之处，给自然选择塑造现代人类表型多样性提供了重要证据。比如，在一号染色体上有一段区域的正选择结构变异比全球人群的平均值高了15%。这一段区域涵盖了多个和当地人特征相关的基因，有的基因与头发有关，可通过形成卷发来增强散热；有的与机体对外界刺激的反馈有关，可减轻热带雨林地区非常多见的蚊虫叮咬反馈效应。
研究还发现了语言和遗传的复杂性。按照传统思维，使用共同语言的人群可能在血缘上是相同或者相近的。但是，对东南亚人群基因组的解析发现，不少拥有相同语言的当地人其实不是来自同一个血缘祖先，其遗传聚类和语言家族聚类并不一致，这反映出当地人群在不断混合的过程中发生了复杂的遗传交融和语言更替转变。
另外，在疾病相关基因变异方面，此次研究也极大丰富了全球人群的基因组变异库，且发现了不少过去认识有误的疾病基因归因。比如，一些在临床变异数据库中被标注为“致病性”的罕见基因在东南亚人群中其实很常见，这意味着之前所选择、分析的疾病人群可能代表性不足，从而导致对致病基因推测错误。
（2）人类史前演化地理边界被重新定义
关于现代人的起源长期有两种观点对峙，一种是多地起源学说，一种是非洲起源学说。前者认为直立人在各地区独立进化出了智人，主要依据是化石研究；后者认为现代人是由非洲走出的智人进化而来，并替代了各地本土的古人类，主要依据的是分子人类学研究。
这次研究首次在东南亚土著人群中发现丹尼索瓦人（生活在上一个冰河时代的人类种群）的多次基因渗入，还鉴定出尼安德特人的基因渗入分布，拓展了科学家对人类史前演化的地理认知。这也佐证了人类在走出非洲之后与当地人群进行基因交流的事实，丰富了人类起源学说。
深入研究古人类，丰富人类起源理论，将对未来人类的环境适应、演化等提出新的见解。
（3）为解析人类遗传多样性树立新标杆
可能有人会疑惑，如此大费周章地研究东南亚人群，跟中国有什么关系？
此次研究进一步证实了东南亚人群和东亚人群之间存在密切的基因交流：这两个群体通过基因交流贡献了4个主要遗传成分，基因记录揭示了新石器时代中国南方从事农业的群体朝东南亚扩张的过程，甚至一些过去被认为主要存在于藏族的遗传特征，也在中国西南及其邻国的非汉族人群中出现，反映出人群从中国西南部向东南亚迁徙的过程。
从这个角度来看，通过研究东南亚人群基因这一人类基因组“南方盲区”，可以对东南亚人乃至全球人类基因交流和适应提供更新的思路。
另外，相关研究成果能为多个领域尤其是生物医药健康领域提供参考。比如，对东南亚人群基因组的发掘不仅修正了一些致病性基因的错误归因，还发现了东南亚人群遗传、环境和疾病的相互作用，这对后期针对性地研发药物、疫苗提供了依据，可推动区域精准医疗的发展。
此次开展的东南亚人群基因研究是中国主导的跨国合作范式，为解析人类遗传多样性树立了新标杆。目前，中国科学院昆明动物研究所联合国际合作伙伴已启动“东南亚基因组计划”二期工程，致力于构建覆盖东南亚全域的万人级高分辨率基因组图谱，以深度解析东南亚大陆人群与东南亚岛屿人群的遗传多样性关联，拓展人类对于泛基因组多样性的认知。
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