被誉为“石破天惊”的石峁遗址，以宏大的城防设施和多元的祭祀遗存展示出典型的早期国家特征，但其人群来源、社会结构及与周边人群的关系等问题长期存有争议。
中国科学院古脊椎动物与古人类研究所等科研团队，历时13年，对来自石峁遗址、周边遗址及晋南地区共169例古代人骨样本展开大规模、高分辨率的核基因组研究，揭示了石峁古城人群的遗传来源与社会结构。
基于覆盖石峁古城、古城周边及晋南多处聚落人群的144例核基因组分析揭示，无论是来自石峁古城皇城台（宫城）、内城和外城的不同等级人群，还是来自周边卫星聚落的人群，其主体人群的遗传成分高度一致，均和陕北本地仰韶晚期人群相同。
研究进一步发现石峁文化人群的部分离群个体还携有一定比例的中国北方草原裕民成分相关人群和南方沿海稻作人群相关祖源成分，但并未影响到陕北地区主体人群的遗传连续性。
这些结果强有力地支持了石峁文化人群本地遗传的连续性，表明石峁文化的深厚本土根基。
在中原方向，与石峁遗址相近时期的陶寺文化人群，在遗传上都与石峁文化人群共享有相近祖源，与陕北地区仰韶晚期人群有极强遗传联系，表明石峁文化人群和陶寺文化人群具同源性。
在北方草原方向，从仰韶晚期的五庄果墚遗址到龙山时期的石峁城址和周边的木柱柱梁、新华遗址，均发现了携有极高比例裕民成分相关人群成分的离群个体。
在南方沿海方向，多个石峁文化遗址的少数离群个体被检测出10%-30%的古南方人群遗传成分，可被4千多年前的南方稻作人群相关成分所代表。这一发现扩宽了对稻作农业人群北向影响范围的理解，为史前稻作农业北传提供了强有力的遗传学证据。
除上述遗传成分外，石峁主体文化人群中并未显示含有欧亚西部草原、中亚、北亚或山东沿海地区古人群的相关成分。
可见，石峁文化与相关人群呈现出“主干清晰、多元交融”的动态形成过程，以本地仰韶人群为稳定的遗传主干，同时与中原、草原和南方的农牧业人群保持着不同程度、长期的互动交流，为理解中华文明“多元一体”格局的早期演进提供了关键实证。
基于来自石峁古城及其卫星城寨山古城不同社会等级墓葬的样本，团队发现，石峁古城不同区域被“集中杀戮”的人祭或墓葬里的人殉存在着明显区分的性别偏好，外城东门“头骨坑”内以男性为主，而高规格贵族或精英阶层殉葬人群均以女性为主。
另外，7个遗址包括高、低等级墓主人或殉人大量个体的纯合片段检测分析中，仅在寨山古城的殉葬个体中发现了一例近亲婚配的后代。这一现象暗示着，在石峁文化较高社会地位的家族中，近亲婚配可能被有意识地规避或较为少见。
该研究通过古基因组学证据，系统揭示了中华早期文明—石峁文化的人群来源和社会结构，具有多重开创性意义，主要体现在三个层面：
首先，证实石峁文化主体人群源于陕北本地仰韶晚期居民，为中华文明在本土“连续演化”提供了坚实遗传证据。
其次，揭示石峁文化人群与周边陶寺文化人群、草原裕民成分相关人群、南方稻作农业人群的遗传联系，展现了“多元”文化在史前时期的广泛互动。
最关键的是，研究揭示了石峁社会以父系亲缘为主导的遗传模式。从“人群互动”与“社会结构”两个维度为理解中国早期国家的形成发展过程提供了前所未有的社会组织范本。
这些发现深化了我们对早期国家形态和中华文明早期发展路径的认识，为探索中华文明“多元一体”格局形成过程做出里程碑式的贡献。
相关研究成果以Ancient DNA from Shimao city records kinship practices in Neolithic China为题，发表在《自然》（Nature）上。
论文链接
石峁城
石雕
样本来源地理位置及年代
石峁文化主体人群及离群个体的遗传结构示意图
石峁遗址内亲属关系和社会组织形式示意图
石峁韩家圪旦墓地和寨山遗址重建家族谱系示意图及对应墓葬位置
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